Senyap mengangkat kisah Adi Rukun sebagai tokoh utamanya yang mencari informasi tentang pembunuhan kakaknya. Ayah dan ibunya masih hidup dan kini berusia sekitar 100 tahun. (Baca juga: Panitia Film Senyap di Malang Diinterogasi Intel )
Adi, yang bekerja sebagai penjual kacamata, mendatangi para pelaku pembantaian yang masih hidup. Sambil mencocokkan ukuran kacamata, Adi bertanya-tanya kepada mereka tentang cara membunuh, tentang PKI, dan alasan mereka melakukan hal itu.
Dalam beberapa adegan, Adi juga menonton rekaman berita yang diliput oleh media Amerika Serikat pada 1967. Juga rekaman wawancara pada 2003 dengan beberapa pelaku lainnya. Dalam rekaman itu, pimpinan pasukan pembunuh tingkat desa, Amir Hasan dan Inong, memperagakan cara-cara yang mereka lakukan saat menghabisi nyawa para korbannya.
“Tentang apa peristiwa PKI itu, Bu?” kata Adi kepada seorang di antara saksi hidup yang ditemuinya. Perempuan tua itu hanya bisa melukiskan apa yang dilihatnya. “Entah apa salahnya, mereka dibawanya, ditutupnya matanya. Semua dibawa ke sungai, dipotongi, ditembaki,” katanya.